Om in aanmerking te komen voor een lening uit het IDL moeten de agrarische ondernemers scoren op een aantal duurzaamheidsdoelen. Het belangrijkste en verplichte doel is de eerder genoemde daling van stikstofemissie. Daarnaast zijn er nog zeven andere duurzaamheidsdoelen, zoals vermindering van gewasbeschermingsmiddelen en biociden, minder nitraatuitspoeling, verbetering diergezondheid en -welzijn, een toename op het gebied van biodiversiteit en verbetering van de bodem. De plannen moeten een structurele verbetering opleveren voor minimaal vijf van de doelen en er mag geen achteruitgang plaatsvinden op de overige doelen. Een onafhankelijke commissie, met mensen uit praktijk en wetenschap, beoordeelt alle aanvragen op duurzaamheid. Het gaat de beoordelingscommissie vooral om investeringen die leiden tot structurele veranderingen in de bedrijfsvoering, dus niet alleen om bijvoorbeeld technische oplossingen voor minder uitstoot.